时代是从江户进入明治时期，由于新政府的西洋近代化方针而发生急剧变化的日本。
舞台在“万国大博览会”举办中的明治新京都。
披头散发或者束着发髻、穿和服或洋装的日本人，外国人来来往往。脚边还有佩带着许可证的妖怪。登陆在役所的妖怪人别帐中的妖怪可以得到发行的许可证，与人类一起生活。
在这之中，有个抓捕无许可妖怪，为了维护京都治安而奋斗着的集团――名为株式会社机动新撰组。
在这样一个随着时代而杂乱的京都，一个青年带着同伴妖怪猫丸从上海归来。他的名字叫坂本龙之介，是维新英雄?坂本龙马的儿子……。
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